南京扬子江生态文明创新中心由南京大学与南京市政府共同发起成立，是国家工程中心的成果转化基地。中心以习近平生态文明思想为指引，以“绿色技术创新与人才培养制高点、绿色低碳产业培育孵化器、高质量发展智囊团、科技体制机制改革试验田”为战略定位，面向长江高质量发展重大需求，组织、牵头、统筹、集聚、协同国内外生态环境科技优势资源，构建“三院三平台四支撑”核心框架体系，打造“政-产-学-研-用-金-介”高效协同科技创新平台。2021年，中心成功获批江苏省水生态安全与健康技术创新中心。中心工作贯通绿色技术研发、应用推广、产业发展全链条，围绕解决重化围江、长江生态修复、绿色产业发展等关键问题，打造生态文明建设可复制、可推广的“江苏样板”，助力南京引领性国家创新型城市建设和长江经济带高质量发展。

中心构建“三院三平台四支撑”核心框架体系，重点建设绿色低碳产业技术研究院、源头创新研究院、绿色菁英创新学院和“生态眼”智慧感知平台、重大公共技术平台、绿色技术工程化平台。依托战略智库、资金基金、载体生态、体制机制四大支撑，助力跨越科技成果转化的“死亡鸿沟”，为长江经济带高质量发展提供制度供给和技术支撑。