南京大学盐城环保技术与工程研究院成立于2010年8月，是由南京大学与盐城市人民政府共建的自收自支的科研型事业单位。研究院是工程中心在江苏沿海环保科技成果转化、科技创新创业的战略基地，也是国家水体污染控制与治理重大专项在淮河流域的重要产业化基地。其宗旨是发展环保战略新型产业，控制沿海开发对区域环境与近海海洋的污染，保障区域生态健康和饮用水安全，支撑淮河流域社会经济的可持续发展。

    研究院被江苏科技厅列为江苏省产学研联合创新重大载体建设项目；被国家生态环境部、科技部列为“十一五”重大专项产业技术创新战略联盟、淮河流域再生水利用与风险控制产业技术创新联盟；被批准为江苏省首批水污染控制环境应急处置队伍；入选“国家高新技术企业”；获工信部“国家中小企业公共服务示范平台”；被国家学位部门认定为南京大学环境工程硕士联合培养基地。

   2017年，由研究院、江苏南大华兴环保科技股份公司和南京华创环境技术研究院有限公司为主体，依托国家工程中心建设的江苏省产业技术研究院水环境工程技术研究所（盐城）(以下简称“水所”）正式获批。水所遵循“立足产业、创新引领”的原则，旨在构建“国内领先、世界一流”的毒害污染物控制工程技术研究平台，建成产业技术特色人才聚集、科研成果转化与孵化的基地，推动我省有毒污染物控制、传统工业产业转型升级与战略新兴产业的发展。